1、原料区别。转基因油主要是用转基因农作物制作的食用油，如转基因大豆、转基因花生等，而非转基因则主要是用正常的没有转基因的大豆、花生制作的食用油，这是本质区别。
2、食用安全性区别。转基因油因为用的是基因都被改变的大豆或者花生等不正常农作物制作的油，所以本身油的食用安全性无法保障，因此在市场上都是禁止售卖的，而非转基因油则是用普通的大豆或花生等正常生长的农作物制作的油，所以可以放心食用。
3、色泽区别。转基因油一般色泽比较浅，呈淡黄色，因为原农作物基因发生改变，体积变大或者变粗，所以制作的食用油色泽也更为浅色，而非转基因油一般色泽为黄色或深黄色，原农作物的基因正常出油率低，食用油色泽比较正常。
4、味道区别。转基因油一般气味比较淡，因为原农作物已经改变基因，所以制作的食用油气味不纯，炒菜不香，而非转基因油气味比较浓郁，因为保留了原农作物的正常基因，营养和味道得以充分释放。
