因为孙悟空虽然犯了错，但罪不至死。
第一：实力不够，杀不掉
孙悟空为天生石猴，据传为女娲补天石遗留下来的灵石，并非凡体俗胎。天庭最终擒下孙悟，更是想尽办法要杀掉孙悟空，可最终都没能如愿。可见擒下孙悟空虽然有一定的难度，但也不是不能办到，但想杀掉孙悟空却是困难重重。如来即使有本事擒下孙悟空，也不一定真能杀的了孙悟空，所以最后只能设法困住孙悟空。
第二：孙悟空有个厉害的师父
孙悟空师承方寸山斜月三星洞的菩提祖师，菩提祖师更是精通佛、道、儒三教精艺。出场诗中更是有“不生不灭”、“与天同寿”等词汇，可见实力有多强悍。随便教孙悟空几个神通，就能把天庭搞的天翻地覆，更别提本人了。虽然菩提祖师不让孙悟空说自己师承何处，但作为如来这种大能，即使不能肯定，但也能猜出个五六分。如果如来真的杀掉了孙悟空，就等于落了菩提祖师的面子。而大人物都是要面子，菩提祖师有很大的可能去找如来的麻烦。
第三：如来有棵慈悲心
佛教讲究慈悲为怀，不能乱杀生，如来作为佛教的现在佛，作为佛教的代表人物，更是不能乱杀生，不然也不会有佛祖割肉喂鹰的故事。孙悟空虽然生性顽劣，但与鹰比起来还是强很多吧，所以，如来不杀孙悟空也合情合理。
孙悟空就是如来的一颗舍利子，是石猴只是一个障眼法，这也就可以理解为什么菩提会忌惮猴子了，他是得罪不起如来的。这下你就知道了把，猴子的真实身份原来是如来的舍利子，那如来肯定不会杀他了。
