1、是否結果
木瓜苗可以通過觀察植株是否結果來區分公母，一般雄性木瓜苗不能結果，只能開花，而雌性木瓜苗能夠開花結果，但是不是所有結果的木瓜苗都是雌性幼苗，也可能是雌雄同體。
2、花朵形狀
花朵的形狀也能判斷木瓜苗的公母，如果開花時花朵中只存在雄性花蕊，屬於雄性木瓜苗，若花朵中只存在雌性花蕊，則爲雌性木瓜苗，而花朵中同時存在雌性和雄性花蕊的植株爲雌雄同體。
3、觀察果實
判斷木瓜苗的公母還可以通過觀察果實，其中雌性木瓜苗結出的果實較大，果肉口感偏甜，而雄性木瓜苗經過變形結出的果實較小，且口感偏淡，養護時要爲植株提供充足的水分，保持土壤溼潤。
