池塘養魚是可以使用em菌種控制藍藻的。池塘養魚使用em菌種，em菌能及時降解水體中的有機質，如養殖動物所產生的殘餌，糞便，提高溶氧穩定水質，均衡的給單細胞藻類進行光合作用提供營養，平衡藻相和菌相穩定池塘水質。可以培養池塘有益藻類，為養殖品種提供良好的生長環境。稻蝦田中有機質過多，可能是大量投喂飼料造成殘餌和排洩糞便過多，池塘水產的濃綠這時候用em菌會快速分解殘餌和糞便，是池塘水深從濃綠變成淡，水質變好。
