1998年長江發生了自1954年以來的又一次全流域性大洪水。從6月中旬起，因洞庭湖、鄱陽湖連降暴雨、大暴雨使長江流量迅速增加。受上游來水和潮汛共同影響，我省沿江潮位自6月25日起全線超過警戒水位。南京站高潮位7月6日達9.90米。沿江蘇南地區自6月24日入梅至7月6日出梅。由於沿江潮位高，內河排水受阻，形成外洪內澇的嚴峻局面。秦淮河東山站最高水位10.28米，居歷史第三位滁河曉橋站最高水位達11.29米，超出警戒水位1.79米。
7月下旬至9月中旬初，受長江上游幹流連續7次洪峰及中游支流匯流疊加影響，大通站流量8月2日最大達82300立方米每秒，僅次於1954年洪峰流量，為歷史第二位。南京站7月29日出現最高潮位10.14米，居歷史第二位，在10.0米以上持續17天之久。鎮江站8月24日出現8.37米的高潮位，僅比1954年低1釐米，居歷史第三位。
