貝貝南瓜種皮較後，通常將種子放入55度的水中，不停攪拌，防止燙傷種子，待水溫降到30度時浸泡15至20小時，然後搓洗掉表面黏液，用清水洗淨，瀝乾表面水份。
用溼潤的毛巾包裹，平鋪1至2釐米後，放在30度上下的環境中催芽，避免溫度起伏過大或過幹。露白後即可播種。
1、首先南瓜發芽需要的最適溫度為28~30℃，有條件的可用恆溫培養箱進行恆溫催芽，將經浸種後的種子用溼布包好，放入28~30℃恆溫箱內即可。
2、南瓜種子可以使用電熱毯催芽，將能正常使用的電熱毯平鋪放好，電熱毯下可墊一層棉被等物以利保溫。
3、然後將準備好的塑料薄膜平鋪電熱毯上。
4、將用於催芽的毛巾等經開水消毒後，用手擰乾（手擰毛巾時不滴水但手指間有水滲出為宜），鋪放在塑料薄膜上，將浸種消毒後的南瓜種子稍瀝乾，平鋪在毛巾。
5、鋪放在塑料薄膜上，將浸種消毒後的南瓜種子稍瀝乾，平鋪在毛巾。
可以用六十度左右的溫水浸泡貝貝南瓜種子十五分鐘，然後洗乾淨撈出，再用三十度左右的溫水浸泡六個小時，目的是軟化種皮，充分吸收水分。如果氣溫不高，浸種完畢後最好進行恆溫催芽。當大部分種子露白，芽長0.3cm左右時就能進行播種了。
