东方中质子的大结局是:质子最后的结局是出现在云天明送给程心的小宇宙里,作为一个高级机器人为程心和关一帆服务,直到宇宙回归运动来临。质子随着两个人类朋友离开小宇宙,开始新的旅程。在宇宙回归运动中,所有文明都将覆灭,都在新世界的宇宙做备份。