自来水公司归水利部门管理。
一、自来水公司归水利局管理。自来水厂属于国有企业。属于水电行业。 水费，水资源费，污水处理费的每吨价格都由政府部门统一定价。地方财政要拨一些款，补贴自来水厂。开发、利用、节约、保护、管理水资源防治水害等的管理就是水利局了。 水利局就是现在的水务局，政府的水行政主管部门，主要搞水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理，给排水，工程建设，河湖治理保护等。。根据相关法律规定，开发、利用、节约、保护、管理水资源、防治水害等由水利局负责，水利局是政府的水行政主管部门，自来水公司属于水电行业，在其管辖范围之内。
二、水利局就是现在的水务局，政府的水行政主管部门，主要搞水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理，给排水，工程建设，河湖治理保护等。主要职责：
一）承担气象观测、作物用水观测和最优灌溉制度试验。
二）负责指导全市水利工程的灌溉用水管理。
三）负责全市农田灌溉用水实验四）负责全市农业灌溉计划用水、节约用水、合理配水的等业务指导工作五）负责全市农业灌溉科研和科技人员的培训工作六）承担上级交办的其它工作。
三、自来水公司最怕政府部门的投诉。水质出现问题会影响我们的生活，去自来水公司投诉，对方是不会进行处理的，因此，我们可以通过当地政府部门去投诉，政府部门监管的力度比较大。自来水公司最怕12319的投诉。12319是城建服务热线，是国家建设部和信息产业部确定的全国建设行业公益服务专用电话号码，涵盖公交、供水、燃气、供热、违章建筑等方面问题的处理解决。12319服务内容涵盖了建设系统中的供水、市政、供气、排水防汛、房地产开发与管理、园林绿化、城市交通、市容环卫、建筑建材业管理、城管监察等7个相关职能部门的多种行业。
法律依据：
《中华人民共和国水法》第七条
国家对水资源依法实行取水许可制度和有偿使用制度。但是，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水的除外。国务院水行政主管部门负责全国取水许可制度和水资源有偿使用制度的组织实施。
所
自来水公司归水利部门管理，具体根据投资建设情况确定归属。
如果全部或大部投资为国家，就由国资委管理，一般归属市政管理部门。
如果全部或大部投资为地方政府，就有地方政府管理。如农村的自来水，一般是县（区）、乡（镇）政府管理。
