1、權力不同：
事業部制結構是在最高領導層集權的基礎上，按業務分類並設立若干從事不同業務的事業部門，各事業部門在最高領導層和有關職能部門的總體決策下，分別實行相互獨立的領導和管理。這樣，整個組織的方針確定和控制是集權化的，具體的方針與運用則分權化。
M型組織即事業部制組織結構，事業部是在公司統一領導下，按照產品、地區或顧客劃分的進行生產經營活動的半獨立經營單位。
2、結構的特點不同：
事業部制結構特點是各事業部門有較大的自主權，可以充分發揮各自在管理中的主動性和積極性，同時，各事業部門及其下屬部門又可在最高領導層的統一領導下有秩序地活動，從而保證了組織整體活動的統一性。
M型組織特點是按產品來劃分，有較大的自主權，自己下設市場部、生產部等，但下設各事業部不是完全子公司
主要表現在兩方面：一方面是有些事務還是全公司管，如有的大公司實行後勤的統一支持，有的實行財務系統的統一處理，當然信息基礎的統一更是其特點其二是它有為全公司服務或管理的義務。
