墩頭古寺始建於元代。高僧印智雲遊江淮，居黃塘之東北墩頭，發現此處佛光顯現，人傑地靈，故結緣於此，發願建墩頭寺，供奉神靈。清乾隆皇帝南巡下江南時，曾親往察看遊覽古寺，並欣然為寺廟題匾“墩頭古寺”，起駕時贊曰：“龍川竹影幾千秋，天緣有份再來遊。”。同治、光緒年間相繼修繕。
