淨化水質：這是硝化菌最主要的作用。它們可以分解水中的有機物，從而起到清理雜質、改善水質的作用。
降低水中氨濃度：如果水中含有比較多的氨氣，會對魚類的健康造成危害。而硝化菌則可以清除氨氣的作用。
調節水中微生物平衡：水中的微生物種類很多，硝化菌可以起到調節平衡的作用。
作用如下
硝化細菌能將水中的有毒的化學物質(氨和亞硝酸)加以分解去除，故有淨化水質的功能。 水族箱中若存在光合細菌，它將那些有機質或硫化氫等物質加以吸收利用，而使耗氧的異營性微生物因缺乏營養而轉為弱勢，因而降低發生有毒分解產物的機會
