有6個任務，分別是:
1、層巖巨淵地下部分的地圖是隨着任務推進慢慢點亮的。
2、層巖巨淵主線任務2【方入巨淵初探勘】，前往勘探隊營地，與瑾武交談後點亮區域①，完成【方入巨淵初探勘】將獲得一個流明石原礦（用於流明石觸媒1升2）。
3、層巖巨淵主線任務3【九霄之石懸殘片】，將【特殊的磐石精油】交給克里托夫後點亮區域②。
4、層巖巨淵主線任務4：【九霄之石懸殘片】，繼續深入崎嶇石廳後與志瓊交談點亮區域③。完成【九霄之石懸殘片】，將可在任務結束處拾取一個流明石原礦（用於流明石觸媒5升6）。
5、層巖巨淵主線任務5：【黑翳漸濃隱兇險】，閱讀愚人衆的【日誌本】後點亮區域④。
6、層巖巨淵主線任務6：【靈石何故墮此間】，和志瓊一起前往營地後與志瓊交談點亮區域⑤。在通往⑥區的狹道中，有一個愚人衆營地，營地中可以拾取一個流明石原礦（用於流明石觸媒7升8）。
