酶作用。純牛奶由於沒有經過加熱、酶鈍化等手段處理，在牛奶中還含有一定量的酶類，儘管它們的數量很少，但在存放過程中也會慢慢使牛奶中蛋白質變性，出現結塊現象。低溫或高溫條件。蛋白質在高溫、低溫、酸性以及鹼性等各個環境中都會出現蛋白質變性。很多人爲了儲存牛奶，將純牛奶放在冰箱中保鮮，有時會將部分牛奶放在冰凍層中，這種低溫也會引起純牛奶結塊。高溫的環境刺激下，鈍化的酶恢復了一定的活性，使蛋白質變性，也會出現結塊現象。
