艾麗絲從第一集的生化喪屍中逃離，可是她卻依然逃不出生化危機的惡夢，萬惡的保護傘公司將馬特抓去完成“復仇女神”計劃。經過保護傘公司地下生化實驗室的改造，她被賦予了超人的力量速度和感知能力，由此愛麗絲得到了強大的力量、速度，和超能力，現在她必須擔負起保護人類的工作，繼續和喪屍的戰鬥。
生化病毒仍然在拉科恩城內肆虐蔓延，那些感染病毒的喪屍也成爲威脅整個人類的因素，必須在它們更加強大之前找到病毒的來源和有效控制它的方法，以解決整個人類陷入基因突變的絕境。爲了這個目的，同時也是爲了找出和拯救拉科恩城內可能倖存的同胞，艾麗絲和剛剛遭到降職處分的特種防衛隊隊員吉爾、以及佩頓、L.J.、尼克萊以及隊長卡洛斯組成調查組，再一次深入到拉科恩城腹地。
除了面對喪屍大軍、變種怪物，他們遇到了更加強大的敵人，這個被稱爲“復仇邪神Nemesis”的怪物是第一集中受傷的麥特在接受保護傘公司的“耐密斯計劃”之後變異而成，它被輸入了毀滅一切生物的指令，並且它還擁有強大的電磁炮和火箭彈擁有驚人的破壞力。
