1)细胞内消化：在高等动物细胞中一些大分子物质通过内吞作用进入细胞如内吞低密脂蛋白获得胆固醇在单细胞真核生物中溶酶体的消化作用就更为重要了。
(2)细胞凋亡：溶酶体可清除凋亡细胞形成的凋亡小体。
(3)自体吞噬：清除细胞中无用的生物大分子衰老的细胞器等。
溶酶体的功能：与食物泡融合，消化食物，或者与包被病菌的大颗粒物质融合，将生物大分子降解为小片段，并将残渣排出。例如，小肠上皮细胞吸收蛋白质（胞吞作用），通过包内物质运送到溶酶体（经过细胞骨架的迁移运动），经过融合后，经过蛋白酶切割，降解为小片段或者氨基酸，然后把小分子转运出溶酶体，剩下残渣排出体外。
细胞在生长分化过程中，降解，破坏衰老的细胞器（为了保持细胞的正常的运作），例如，细胞凋亡（破坏整个细胞），自体吞噬（破坏细胞中废弃的大分子，并不破坏整个细胞）。
溶酶体是分解蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的细胞器。其主要的功能主要有以下几方面：
1、参与细胞内的正常消化作用。大分子物质经内吞作用进入细胞后，通过溶酶体消化分解为小分子物质，再扩散到细胞质中对细胞起到营养作用。
2、自体吞噬作用。溶酶体可以消化细胞内衰老的细胞器，其降解的产物重新被细胞利用。
3、自溶作用。在一定条件下，溶酶体膜破裂，体内的水解酶释放到细胞之中，从而使整个细胞被酶水解消化甚至死亡，发生细胞自溶
