菠菜的主根发达，长而粗，侧根短而细，所以菠菜的根系是由主根和侧根组成的直根系。根系有直根系和须根系两大类．直根系主根发达、明显，极易与侧根相区别，由这种主根及其各级侧根组成的根系，称为直根系．大多数的裸子植物和双子叶植物具有直根系如双子叶植物棉、蒲公英、大豆、番茄、桃等．单子叶植物的主根不发达，其根系为须根系。
菠菜的根属于直根系.所谓的直根系就是有一个可以明显不同于其它根的根.其它的根都是须根，很少，但是很多.当然有时候我们也可能会看到有些菠菜的主根分成两个比较大的根.这可能是主根在生长的时候碰到了比较坚硬的东西，被分成两半，但是我们可能看到两个比较大的根都是在菠菜主根的下面，它们的上面还是连接在一起的.所以这种情况只是由于外界的因素造成的，不是菠菜的本身性状.因为环境也可以改变生物的性状.
