棉花苗茎秆发红症状的原因：
1.除草剂药害因素。两类地块会引起除草剂药害，一类是常年连作的老棉田，因常年使用氟乐灵且使用量偏大，造成植株茎秆细弱矮小、红茎比例较大。另一类是种棉花的倒茬地，前茬作物为玉米，并且连年使用玉米田封闭性除草剂乙阿合剂或丁阿合剂。多年连续使用，使除草剂在田间残留，当夏季降水量较大时，田间除草剂随着水的流向低洼处，表现为同一块地内高处棉田生长健壮，低洼处或低洼地段，植株矮小、细弱，出现红茎棉现象。
2.病害因素。棉花枯萎病根据受害时期和严重程度，其中在田间有的表现为紫红型，子叶和真叶变紫红色或出现紫红色斑块，略呈萎蔫状。
3.土壤或盐或碱。有些地块由于长期不合理施用化学肥料而不施用有机肥，造成土壤盐碱化或次生盐渍化。当下雨量较小时，造成盐分上移，盐分浓度大抑制了根系对营养的吸收，出现了盐害伤苗现象，也造成植株生长缓慢而小、红茎比例偏高
