主要是针对河口、河道、湖泊、沉积物以及汛期洪水、水质、环境保护和土地利用等重点领域，提出一体化、分层化、系统化的治理方案。1、河口综合整治：实施海堤救源、新建排涝隧洞诱导流、建立快速报警预警系统、改善港湾等河口综合整治。2、河道综合治理:采取构筑工程、生态工程、对过水系统运行规律和汛期洪涝规律进行管制等措施治理河道水位变幅、实施河道冲刷、挡水墙、抢建排涝增容、拦篱增容管道整治等河道综合治理护坡、护栏、断流堰的护坡移民工程。3、湖泊综合治理：采取湖体恢复建设、水层调控、渔业繁育、实施渔灯排污治理、湖泊重力廊排涝和湖塘调节等湖泊综合治理，加强湖泊水质治理和生态保护。4、沉积物治理：实施港湾沉积物抽引除淤、抽减流域沉积物侵入港湾，增加流域非点源污染治理等沉积物综合治理措施。5、汛期洪水治理：采取改进洪水泄洪结构和赋能等洪水治理护洪防洪抢修工程，提高灾害防治水平。6、水质改善：实施砂滩回归改扩建工程、农村污水排放治理等水质改善工程，完善内河水质动态治理制度。7、土地利用规划：实施大功率列输及对流域河口港湾规划、流域景观规划和旅游规划。8、环境保护：实施有机养殖废水处理、绿地开发改善及农贸市场固废处理、废弃物入河口收集处理等环境保护措施。
