各有各的作用，用途不一样，不能比。
一、EM菌
EM菌是一种由多种有益菌混合的菌种，如：乳酸菌、酵母菌等，被广泛应用到食品、养殖和种植，在种植上可以说是功不可没，不但能改良土壤、提高肥料利用率、还能控制各种病害发生、进入土壤后，能给根系创造一个良好的生长环境，促进根系发达和秧苗健壮，大幅度提高作物产量和质量。
EM菌常用的方法有：兑水灌根或喷施叶面，与有机肥混合作为底肥和追肥，用来发酵生物有机肥等等，其作用和用途是其他任何一种肥料和药物所不能比的。
三、哈茨木霉菌
哈茨木霉菌是一种生物防治菌，在有害菌周围形成一层菌丝来吸收有害菌的营养，并逐渐将有害菌杀死，而且哈茨木霉菌能产生植株抗生素，来抵抗病原菌，减少病害菌的侵袭，并且能刺激和诱导植物防御系统，提高作物的控病能力，在作物根系和叶片周围形成一层保护罩，对黑斑病、灰霉病、霜霉病、枯萎病等有很好的预防和防治效果，能很大程度的提高产量和质量，被众多种植户称为生根护根菌。
