原因如下。
1、立足未稳，自己阵营重臣反对。
公元189年董卓要废汉少帝立汉献帝，卢植公开反对，说董卓这是在篡位。董卓本想杀他，但听到蔡邕和彭伯建议，临时改变了主意。
蔡邕是东汉名臣，文学家、书法家，才女蔡文姬之父，曾参与续写《东观汉记》及刻印熹平石经，后遭流放朔方，避难江南十二年。董卓掌权时，历任侍御史、治书侍御史、尚书、侍中、左中郎将等职，封高阳乡侯，世称“蔡中郎”。
彭伯是议郎，就是谏官，劝董卓说：“卢尚书是海内大儒，士人之望。如今若杀他，天下人都会震惊失望。”董卓这才作罢，将卢植免职。
2、卢植势力强大。
卢植曾经在太学里面担任老师，弟子遍布天下。就连刘备和公孙瓒都是他的学生，有很强的号召力。后来他担任尚书职位，是汉灵帝委任的平定黄巾之乱的三名核心中郎将之一。对政治产生了现实影响力。在何进与十常侍的激烈斗争中支持何进，董卓是应何进邀请进京的，应该属于自己人。
3、与袁绍关系密切。
袁绍出身汉末名门汝南袁氏，自高祖父袁安起，四代有五人位居三公。袁绍早年任中军校尉、司隶校尉，曾指挥诛杀宦官。公元190年与董卓对立，被推举为关东联军首领。卢植被董卓罢官后，被袁绍请去做军师。他的子孙在曹魏、西晋都是大官。
董卓不杀卢植是因为卢植是东汉大儒，威信高，人脉广，董卓不敢杀他。
卢植，字子干。涿郡涿县人。东汉末年经学家、将领。卢植性格刚毅，师从太尉陈球、大儒马融等，为郑玄、管宁、华歆的同门师兄。曾先后担任九江、庐江太守，平定蛮族叛乱。后与马日磾、蔡邕等一起在东观校勘儒学经典书籍，并参与续写《汉记》。
因为董卓想利用他收买人心
卢植卢尚书乃一代名士，声名远播海内外，非常人所比，董卓希望长期把持朝政，进而取而代之，亟需收买人心，绝不能留下害贤之恶名，把自己置于众人声讨的风口浪尖，或许性命不保，出于长远考虑，董卓不敢明杀卢植，只能暗中下手
