由于砷化镓生产方式和传统的硅晶圆生产方式大不相同，砷化镓需要采用磊晶技术制造，这种磊晶圆的直径通常为4—6英寸，比硅晶圆的12英寸要小得多，磊晶圆需要特殊的机台才行，同时砷化镓原材料成本高出硅很多，镓比较稀缺，砷又是有毒物质，所以成本也会相应高昂。
其次，其电池的衰减也是成本高昂的佐因之一。
电池衰减
传统薄膜太阳能电池由于工艺原因一般颜色更深，这就意味着其热效应就更严重，根据实测数据，早期的薄膜太阳能电池一般性衰减在10%以上，特别是在使用的头几年呈现高速衰减状态，最高能达到20%左右，所以一般厂家会采用低标的办法去销售冲减。例如150W标称100W进行销售。即使是砷化镓电池也需要充分降温，才能保证其发电效率和减缓热衰减。
封装复杂
砷化镓较硅质在物理性质上要更脆，这一点使得其加工时比容易碎裂，所以，通常的做法是把其制成薄膜，并使用衬底（常为Ge［锗］），来对抗其在这一方面的不利，但是也增加了技术的复杂度。薄膜电池的工艺决定了它的封装皮肤不能使用钢化玻璃，一般是使用双层普通玻璃封装，生产过程货损与安装损坏率相对较高，另外这种封装模式使其散热问题更加严重，直至目前这个问题都难以解决。
