柯南的主线就是高中生侦探工藤新一撞见神秘组织交易场景，被琴酒(Gin)打晕、灌下组织研发的药物APTX4869(下称A药)，醒来后发现自己变成了小学生模样，柯南长达二十多年的连载就此拉开序幕。
名侦探柯南当中的主线就是黑衣组织的秘密，以及黑衣组织的幕后大boss是谁，这就是最关键的一个线索，而且主线其实在第一集里边就已经出现了，尤其是琴酒和伏特加出场的时候，这就是主线，他们为了不让自己的秘密泄露出去，索性给工藤新一惯了aptx4869，从那一刻主线就已经出来了。
琴酒包括后续虽然看起来整个是一个侦探，看起来好像没有太大的瓜葛，但是从一些细致末梢当中看到作者一直把这一些主线都串联在了一起 。
