区别是:总督权力比巡抚大，但与巡抚之间没有直接的隶属关系.总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝，不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。
巡抚和总督不同之处是：总督为管辖数省最高军政长官，巡抚为管辖一省最高军政长官。
总督、巡抚均为封疆大吏。
总督官阶品级高于巡抚，管辖区域范围大于巡抚。
1、品级不同。. 总督一般是正二品，但巡抚却一般是从二品。. 当然，总督和巡抚都还有另加衔，但一般情况下，即使是有另加衔，也是总督经常另加"尚书衔"，兼都察院右都御史而巡抚却是经常另加"侍郎衔"，兼都察院右副都御史。. 所以，从中我们就不难看出，总督要比巡抚级别高。. 并且，都察院这个机构也就相当于咱们现在的中纪委，而其最高长官一般都是"右都御史"，而不是"右副都御史"。.
2、总督：一般而言管理数省的最高行政长官，兼管军民要务。
