一、谷粒菌种
优点：萌发速度快，菌丝浓密，强壮。
缺点：工艺复杂，成本高，发菌后期谷粒容易感染杂菌。
二、枝条菌种
优点：能够深入菌包的内部，提高发菌速度，接种速度快，节省人工。
缺点：工艺复杂，接入菌包以后，不能形成料面早期的菌种萌发覆盖，不利于控制污染。
三、普通固体菌种
优点：成本低，工艺简单，可以形成均匀的料面覆盖。
缺点：萌发速度和强壮程度不如谷粒菌种，以下四种中棉籽壳菌种的萌发效果最好，木屑菌种萌发效果最差。
1、棉籽壳菌种
2、玉米芯菌种
3、玉米芯和棉籽壳菌种
4、木屑菌种
四、液体菌种
优点：具有渗透性和流动性，在合适的条件下萌发速度快，能够提高菌包的发菌速度，成本低，接种速度快，节省人工。
缺点：需要具备一定设备和技术，只能使用在熟料栽培中，不能保存，需要现做现用。
食用菌枝条菌种是采用木筷子或枝条作为培养基而生产的食用菌菌种，枝条菌种在香菇和黑木耳等食用菌栽培上应用较多，它的优点是菌种在接种时不受伤害，菌丝萌发快，污染率低缺点就是菌种生产技术要求高
