水芹得根腐病可能性比较大，先去把土壤处理好，调节好酸碱度，用甲霜恶霉灵或者恶霉灵杀菌，再用有机肥补充有机质，用菌肥补充有益菌，用氨基酸和微生物菌剂灌根或者淋根，生根壮苗，还抗病，单纯用药效果不好，综合治理才是关键。
水芹菜烂根主要是由于缺硼而引起的，造成叶柄的基部纵裂，然后软腐。起初的时候，只在叶柄处呈现一些水浸状的病斑，后期病斑扩大，软腐后散发出恶臭味，且病株外叶还会有萎蔫，叶色发黄的现象。
防治措施：定植前做土壤消毒，定植前每亩用硼砂2～3公斤做底肥。生长期间要喷施0.2%的硼砂溶液，发病后可以用50%的DT或可杀得加农用链霉素连喷2～3次。
