一、近亲配对会造成一是遗传病发生，即隐性基因纯合，容易发生遗传病。
二、是造成品种退化，即马生产的后代的生产性能下降。
三、是造成后代不孕不育。综上，马虽然可以近亲配对，但在生产上不提倡，只有在科学试验和育种中应用。
通常近亲交配会出现畸形，是因为一些遗传疾病常常在隐性基因上，而近亲交配会出现双隐性基因配对从而显现出来。但如果没有隐性遗传病的话，近亲交配也不会出现畸形。比如实验动物有很多所谓“纯系”动物就是近亲交配得到的。（我是做生物方面工作的，经常会用到纯系动物）
马是可以近亲结合的。
马近亲结合繁殖，是指血统或亲缘关系相近的两个个体交配并产生后代的行为，它最突出的好处，就是优良的性体得到稳固和纯化。例如，今天活着的每一匹纯种马，都是17和18世纪英格兰的，三匹种马和许多品种优良的母马的后代。
