孤岛惊魂6有两种不同的结局，分为正常结局和隐藏结局，达成条件如下：
一、正常结局
1、正常情况下在玩家如果正常选择的话玩家应该去战斗，也就是在玩家完成游戏的第一个行动Libertad Rises后，玩家可以选择留在抵抗组织中对抗独裁者的统治。并接取任务与雅拉的政府军战斗(游戏中虚构的反派势力)，最后成功获得了胜利。
2、在获得了与政府军的战斗的胜利之后。玩家的角色会因为好友的逝去和与其他人意见不合选择离开反抗军，在小岛的一处祭拜好友后隐居，正常结局达成。
二、隐藏结局
1、在Libertad Rises任务完成观看过场动画之后，在游戏里地图上用一个光标将玩家指向下一步的战斗，但向相反的方向开船行进一会儿就会触发快速褪色的画面。
2、屏幕变黑之后会有一段CG显示玩家的角色前往了美国，在海边度假。然后会在电台广播中听到消息说雅拉的总统安东(BOSS)宣布反抗军的首领已经被特种部队击毙，达成隐藏结局。
