使用人群不同：新农合是农村户口的民众购买缴纳，医保是是非农业户口的民众购买缴纳。报销比例不同：医保起付线比新农合高新农合在则乡镇医院报销比例高。不同的待遇：新农合主要针对农民。新农村合作医疗是农村户⼝的买，居民医疗保险是⾮农业户⼝的买。新农合主要是让农民在乡镇卫⽣院报销多，起付线低，在城⾥的医院报得相对少些居民医疗保险起付线⽐新农合稍⾼，在⼤医院报销⽐例稍⾼⼀点，交钱也交得多⼀些。新农合可报销的医药⽬录⽐城镇医保少，新农合在乡镇医院报销⽐例⾼，在市级医院平均报销⽐例⽐城镇医保低百分之⼀⼆⼗，最⾼封顶也⽐城镇医保少额高。
