原核生物发酵如大肠杆菌发酵、放线菌发酵等，一般进行的是胞内发酵，得到的产物一般要进行细胞破碎才能得到
真核生物发酵如青霉素、酒精发酵等，一般进行的是胞外发酵，得到的产物在菌液中.
就是发酵采用的菌种不同，可以获得不同产物。
真核生物发酵以酵母菌发酵为主，收获含乙醇的物质，如酒等。还有如采用青霉发酵等，可以收获青霉素。
原核生物发酵采用菌种是原核生物，如放线菌、大肠杆菌等。可收获抗生素、转基因产物等。
原核发酵是原核细胞的呼吸过程，它进行的场所是在细胞质基质。真核发酵是真核细胞的呼吸，它进行的场所是细胞质基质和线粒体。
