二周目开始后从二楼下来，得知劲敌说金岬市可以坐船了，先来到真砂镇遇到小光，说冠凤镇的长老呼叫主角。找到老奶奶添加了帝牙卢卡的图鉴，这样基本集齐150个图鉴，回到博士研究所，大木博士来到。图鉴升级为全国图鉴，得知有了联动公园并得到宝可梦探测器。门口继续小光对话，再跑去小光家跟她妹妹对话得知有大量宝可梦出现的消息。继续小光对话，之后前往绿缘市宝可梦中心隔壁屋子里可以得到伊布。晚上八点过后前往白岱森林可以遇到菜种，进入森之羊馆。
