1、酵母菌处理污水的原理是利用酵母菌自身具有代谢旺盛、繁殖快以及耐酸等特点，在废水处理中通过分解废水中有机质达到水质的净化效果，并把有机质转变为单细胞蛋白。
2、酵母菌喜在含糖较高的酸性水生环境中生长， 利用其处理含较多糖类、淀粉、油脂和蛋白质等的生活污水和含糖、油脂、味精、赖氨酸等的工业废水，都能取得很好的效果，表现出明显的优越性。
对于不同污染物，酵母菌去除机制也不同，多应用生物降解和生物吸附效应
生物降解效应：在体内酶作用下，分解和转化废水中的有机质，产生腺瞟吟核苷三磷酸和丙酮酸，在线粒体中，丙酮酸转化为乙酰辅酶A，再通过TCA循环作用，将乙酰辅酶A转化为水和二氧化碳。酵母菌可以将醇醵类污染物作为碳源物质，合成新细胞物质，在代谢醇类期间，满足细胞生长。
生物吸附效应：生物吸附需要通过胞外结合与运输胞内两个环节。胞外结合无需能力消化，属于被动式吸附，运输胞内较为缓慢，依赖于代谢系统与能量调控，属于主动式吸附。对于细胞表面吸附沉淀，离子通过细胞壁组分化学基团的作用，吸附到细胞表面。
