1、形态不同：毛霉菌丝分枝很多，无假根，在孢子囊梗的顶端生孢子囊。根霉的菌丝无隔膜、有分枝和假根，营养菌丝体上产生匍匐枝。青霉分枝成帚状的分生孢子从菌丝体伸向空中，各顶端的小梗产生链状的青绿—褐色的分生孢子。粬霉菌丝有隔膜，为多细胞霉菌。
2、性质不同：曲霉是发酵工业和食品加工业的重要菌种。青霉通常为青霉属，和曲霉属有亲缘关系。根霉菌属菌物界，真菌门，接合菌亚门，接合菌纲。毛霉常无分隔，有的菌丝在培养基表面横向生长。
3、特点不同：毛霉目真菌能进行有性繁殖产生接合孢子和无性繁殖产生孢子囊孢子。曲霉广泛分布在谷物、空气、土壤和各种有机物品上。青霉菌属多细胞，营养菌丝体无色、淡色或具鲜明颜色。根霉孢子囊呈球形或近球形，老后呈黑色，直径60-250μm。孢囊抱子呈椭圆形、球形或其他形。
