《沙丘》是以保罗为主人公，描写这个十五岁的少年英雄如何挣扎，最后成为亚拉基斯星的救世主。
《沙丘》的背景是遥远的未来，那时候人类已经越出了地球，建立了恒星帝国。由三种势力控制整个社会，一是垄断整个恒星间运输的宇宙协会，一是恒星帝国政府，一是掌握行星领土的土皇帝（大公），这三种势力联合统治着整个恒星帝国。
在众多的土皇帝中，有一个亚崔迪公爵。亚崔迪家族一直在帝国占很大的势力，居很高地位。也许由于他的势力太大，国王感到会威协到自己的统治，于是找了个借口，将阿特列特的封地加以移封，贬到一个荒芜的星球阿拉基斯星去。
亚崔迪公爵被贬到阿拉基斯星，远离了统治中心，按理是可以使国王安心的，因为阿拉基斯绝大部分是荒凉的沙漠。不过阿拉基斯星却出产美兰基（Melange），那是一种类似香料的东西，是医治老人病的一种特效药物，拥有这种物质，就等于拥有最大的财富。
这引起了亚崔迪的仇敌哈肯尼男爵（Baron Harkonnen）眼红，他千方百计要从亚崔迪手中将这个星球夺取过来。他说服国王借给他所向无敌的沙杜卡军团，对阿拉基斯星发动猛烈的进攻。虽然亚崔迪和他的军队竭尽全力抵抗，但根本没有胜利的希望，亚崔迪最后自杀身亡。阿拉基斯星被军团攻占后，就变成了哈肯尼男爵的领土了。在这场变革中，被弗里曼人所尊敬的半弗里曼人行星生态学家Liet-Kynes也被哈肯尼谋杀。
亚崔迪的儿子保罗和他的母亲谢西卡在混战中，逃了出来。保罗还只是个十来岁的少年，但他心中充满了复仇的意志。他们逃进沙漠中去，遇见了沙漠中生存的自由民弗里曼人。
弗里曼人这些自由民，可以说是帝国中的法外之民，他们的战斗力很强，而且是一个很有团结精神的民族。他们长期在沙漠中生活，在沙漠的腹地建筑了很多洞穴，在地下生活。
少年保罗为了使弗里曼人接受他成为他们当中的一员，作了很多努力。在第一次接受弗里曼人的一种古老的仪式时，保罗预知能力被彻底激发，他因此能够准确预测未来的一切。这种特异功能使保罗称为预言之子，人们见证了预言中的基威沙兹·哈狄拉克，一个联系时间与空间的救世主，谢西卡也被尊为教母，弗里曼人将保罗视为他们的领袖。
保罗的成长过程中，他掌握了驾驭沙漠中的大沙虫的本领，这些大沙虫在生产美兰基的过程中占有重要的地位。保罗和行星生态学家Liet-Kynes之女加妮Chani相爱，结成配偶，成为了弗里曼人的一员，并将他们比吉斯姐妹会的搏斗技术传授给弗里曼的各个部落，使弗里曼人的战斗力迅速增强。
保罗·亚崔迪成为弗里曼人的首领之后，改称为保罗莫亚迪，他开始计划改造阿拉基斯星的气候，希望使沙漠获得水。有了水整个经济及生态将会改造一新，这给基尼人带来了希望。
保罗莫亚迪的存生，渐为人知，他的势力一天天发展壮大，使帝国感到威胁。哈肯尼首先感到这死敌的生存，已威胁到他对阿拉基斯星的统治，于是又和国王策划一次新阴谋，要求再次派遣沙杜卡军团去征剿弗里曼人。
这一次，国王亲自出征，他率领沙杜卡军团，开始对阿拉基斯星进行残酷血腥的征剿。激战的结果，沙杜卡军团惨败，全军覆没，哈肯尼这阴谋家也被消灭掉，整个帝国因而改变了形势。在沙杜卡军团溃灭后，保罗成为最强大的弗里曼部队的领导人，他掌握控制了美兰基这种强大武器，也就掌握了帝国的经济，掌握了帝国的命脉，在这种形势下，弗里曼军团为了进行圣战，开始向宇宙进军了。
