有区别。合格是针对事业单位人员的考核等次。称职是针对党政机关等使用公务员编制人员的考核等次。
根据公务员考核办法和事业单位工作人员考核办法规定，公务员考核等次分别为优秀，称职，基本称职，不称职。事业单位考核等次分别为优秀，合格，，基本合格，不合格。
合格和称职有区别：合格指的是一个人按照职责要求能够比较好地履职尽责，基本上达到合格的标准而称职则是指一个人的所作所为符合职责要求，工作比较称职。事实上，合格和称职这两个词语，都是日常工作生活中经常听到或看到的两个词语，合格有基本合格的意思而称职则是完全称职。
