所谓无菌包装是将杀菌后的牛乳，在无菌条件下装入事先杀过菌的容器内。可供牛乳制品无菌包装的设备主要有：无菌菱形袋包装机、无菌砖形盒包装机、多尔无菌灌装系统、安德逊成型密封机等。
牛奶从无菌冷却器流入包装线，包装线是在无菌条件下操作的。为了补偿设备能力的差额或者包装机停顿时的不平衡状态，可在杀菌器和包装线之间安装一个无菌罐。这样，如果包装线停了下来，产品便可贮存在无菌罐中。当然处理的奶也可以直接从杀菌器输送到无菌包装机，由于包装处理不了而出现的多余奶可通过安全阀回流到杀菌设备，这一设计可减少无菌罐的潜在污染。
