1.
主要线路不同，南京南站主要包含的路线是仙宁铁路、宁溶铁路、京沪高速铁路等。南京站主要包含的路线是宁西铁路、京沪铁路、沪宁城际铁路等。
2.
火车站具体位置不同，南京南站具体的位置在南京是雨花台区玉兰路98号，南京站具体的位置在南京市玄武区龙蟠路111号。
3.
火车站历史不同，南京南站规划的时间是1986年，位置就在南京南部新城的核心区域。然后在1991年正式开始进入到早期规划的阶段，然后在2008年1月份正式开始修建，一直到2011年6月份才正式开始投入运营。 南京站修建的时间是1905年，原来修建的地址是南京下关区域，一直到1968年9月才迁入到现在的地址。并且在2005年7月份就已经完成了改建的工程，后面在2014年8月火车站正式投放使用。
4.
火车站的规模不同，截止到2019年12月份，南京南站占地面积已经达到了70万
