在元朝的各种宗教中，以佛教最受蒙古的重视。元代佛教各派别中，喇嘛教的地位最高，享有特殊地位和特权。成吉思汗尊封喇嘛教八思巴为法王、帝师，一时喇嘛教风头无两。在这之前，全真教也有过高光时刻。
“全真七子”的丘处机成为掌门人后，由于信徒众多，全真教在北方名声大振。丘处机年届七旬，鹤发童颜、碧眼方瞳，外界纷纷传说他有“长生不老之术”和“治理天下之术”，更有甚者传言丘处机300多岁了。这些传说传到老年成吉思汗的耳朵中，成吉思汗写信诚恳邀请丘处机西行传道解惑。
一年之后，丘处机带领弟子在阿富汗见到60多岁的成吉思汗。丘处机告诉成吉思汗“世界上只有卫生之道，没有长生之药”，治理天下应该“敬天爱民”。丘处机的“秘方”并非成吉思汗的真正需要，并没有得到他的完全认可，在一定程度上减少了杀戮。
成吉思汗接见丘处机，告诉成吉思汗“世界上只有卫生之道，没有长生之药”，治理天下应该“敬天爱民”。虽没有得到他的完全认可，但在一定程度上减少了蒙古统治者对汉族人民的杀戮。
经过一年相处，丘处机决定东归，大汗依依不舍，派五千精骑护送，免除全真教赋税。后来，成吉思汗赐丘处机虎符玺书，并把金朝的御花园赏给全真教传道。从此丘处机得以全力弘扬全真教、广建道观，掌管天下道观，取得了相当于蒙古国国师的地位。全真教进入全盛时期
元宪宗时期，全真教受到打压，诏令除《道德经》外，其余道经一概焚毁。经此一役，全真教日渐衰弱。明、清以后，全真教更加衰落。
全真教本身是道教的一个主流门派，开宗于辅极帝君王重阳。早在蒙古人早期时，蒙古一直信奉萨满教，这个萨满教是蒙古土生土长的，可以说是蒙古的国教，但后来道教一度在蒙古盛行，大有代替萨满教的势头，但没过多久，就随着蒙古的政治因素而变弱。
说到全真教在蒙古的兴起全要得力于全真教丘处机道长，也就是射雕中经常在蒙古跑的道长。当时全真教是金国有名的大教，而丘则被世人称为活神仙。在铁木真成为思汗后，邀请其到蒙古探讨长生之术，但其由于国家原因真到后来才去了蒙古。至于国家因素暂就不多说。丘到了蒙古后受到铁木真的厚待，并为其修了长春宫。之后蒙古国多个政权要人都十分器重道教，给其修了多个道观。再来说国家原因，当时金国道教信徒超级多，而蒙古为了更好的加强对灭掉金国，也重视了全真教，以缓解金人对蒙古的仇恨情绪。不过，可惜的是，在蒙古人完全拿下金国后，全真道教的政治作用就不大了，然后就被藏传佛教给顶了下去。
