新挖的水井，只要水质没有问题，水源没被污染，一般不需要消毒的，只有在挖井的时候污染了井壁，以及井壁建筑材料带有害浮尘的情况下，才需要消毒。在消毒前，先用清水洗净井壁，然后抽干污浊的泥浆水，等水井恢复满水状态后，按每立方米水量投放1千克的量投放明矾等絮凝剂。絮凝剂浸泡24小时，然后抽干水，等待水井恢复满水位后，再按每立方米水量投0.5千克的量投放漂白粉等消毒杀菌剂，浸泡24小时，然后抽干水井，反复满水抽干三次以上。
如果是水泥浇筑的井壁，消毒后也不能立即食用井水，最好浸泡一个月以上，期间不断重复满水抽干操作，以洗去水泥浮沉，除去水泥味。
