两者区别如下
1、来源不同。高果糖是一种从菊苣根里面提取出的，低聚糖是由多聚糖过滤而来。
2、作用不同。高果糖是一种水溶性膳食纤维，低聚糖广泛存在于常见的蔬菜水果中，具有超强双歧因子和水溶性膳食纤维，摄入低聚果糖能提高对钙离子的吸收，增加钙质的吸收和增加骨密度健康，能改善停经后的妇女对矿物质吸收低果糖对肠道益菌有增殖作用，对肠粘膜细胞有保护作用。
3、应用不同。低果糖应用于奶粉，调节微生态平衡，它可以使乳制品易消化和吸收，也用于动物饲料生产中，消灭有害菌，高果糖添加于各类化妆品中，抑制脸部皮肤表面有害菌，减缓色素沉淀，对皮肤保健有良好的作用
