进入发情期后，公鱼会不断追着母鱼跑。追到之后，公鱼会将交接器插入母鱼的泄殖孔内，排出精子，进行体内受精。而后鱼卵在母鱼体内孵化，直接生成小鱼。
受精成功并怀孕之后，孔雀鱼母鱼的臀鳍、腹鳍之间会出现黑色的三角块。再经过4～6周的孕育期，母鱼便会生产，一般一次能生20～40尾小鱼。
在交配时，公的孔雀鱼会一直追逐母鱼，使用自己的生殖器对着母鱼的生殖孔刺进去，射出精液，给母鱼体内的鱼卵受精。之后受精卵会在母鱼体内发育成小鱼，然后通过产卵的方式被母鱼排出体外。
公孔雀鱼的生殖器生长在胸鳍部位，平时是向后生长的，但在快射精的时候会转向前方，确保能顺利放进母鱼的生殖孔中。
