其实这两个部队是完全不同的东西。金吾卫是古代皇城中心的禁卫军部队，而锦衣卫则是专门刺探情报知名度来说锦衣卫要更高，所以综合来看锦衣卫会更厉害一些。
金吾卫厉害
金吾卫，北周夏官所属，有武环率下大夫、武候率下大夫等官。隋有左右武侯，皇帝出行时，先驱后殿，日夜巡察，止宿时司警戒之责。炀帝改为左右候卫，所领军士称佽飞。唐初未改。龙朔二年，采用汉执金吾旧名，改称左右金吾卫，设大将军、将军及长史、诸曹参军，与其他各卫相同。
锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫
金吾卫厉害，他是唐代官署名，唐十六卫的两卫，属于南衙的禁卫军。掌管皇帝禁卫﹑扈从等事的亲军。
锦衣卫，是明朝专有的军政搜集情报机构，设立于公元1382年，其主要职能为侍卫仪仗、侦缉廷杖、对外情报，从事侦察、逮捕、审问等活动。
两者职责不同，但都是直接听命于皇帝。
