企业预付账款和在建工程的差别如下，预付账款没有开发票，而在建工程开具了发票，如果企业在工程施工过程中，按照相关约定，支付预付款项，但没有进行工程施工进度的结算，这时支付的款项计入预付账款，如果根据工程进度进行阶段性的工程结算并开具发票，这时支付的款项要计入在建工程会计科目。预付账款是货物尚未交接，已经付款，计入“预付账款”科目，是企业的债权。在建工程是构建需要安装的固定资产，在构建过程中各项支出的归集，计入“在建工程”科目，是企业资产。
