1、土壤养分及肥水条件失衡
有众多研究认为水稻扬花后颖壳不闭合与土壤养分失衡、旱改水有关，采取有机-无机混施，补充中微量元素后，能够有效降低颖壳不闭合的发生，提高水稻产量。据调查，发生颖壳不闭合的田块多为有机质含量低、缺乏钾、锌等元素的白土田或者土壤养分失衡的旱改水田。
2、高温热害
水稻遭遇高温热害会严重影响水稻结实，通常温度高于35℃或长期日均温度在30℃以上便会使稻谷的空壳率增加。主要原因是高温会导致花粉破裂或代谢受阻，降低花粉活力，从而影响授粉。不同的品种其耐高温程度不同，有的品种不抗高温。
3、药害
在水稻田中大量使用二甲四氯钠或过量使用多效唑等生长调节剂，除此外在水稻孕穗至抽穗期使用农药不当造成药害，会造成水稻颖壳畸形。
4、旱立青病
认为旱青立病发生与土壤养分、温度、水分、药害有关。该病的主要症状是稻株抽穗后，病穗大都直立而不下垂，颖壳畸形，有的似鹰嘴，有的灌浆不良。
5、其他
稻蓟马、稻秆潜蝇在孕穗至抽穗期危害可使水稻出现颖壳畸形不闭合，土壤中砷、硫失衡（旱改水田易发生）会水稻颖壳畸形不结实。
