水质方面，南水北调工程水质长期持续稳定达标。
东线一期工程输水干线水质全部达标，并持续稳定保持在地表水水质Ⅲ类以上。
丹江口水库和中线干线供水水质稳定在地表水水质Ⅱ类以上。
按照《中华人民共和国地表水环境质量标准》，依据地表水水域环境功能和保护目标，我国水质按功能划分:
II类 主要适用于集中式生活饮用水地表水源地一级保护区、珍稀水生生物栖息地、鱼虾类产卵场、仔稚幼鱼的索饵场等。
III类 主要适用于集中式生活饮用水地表水源地二级保护区、鱼虾类越冬场、洄游通道、水产养殖区等渔业水域及游泳区。
由此可见，丹江口水库和中线干线供水水质是最好的。
中线水质更好。全面通水以来，南水北调东线干线水质全部达到Ⅲ类，中线源头丹江口水库水质95%达到Ⅰ类水，干线水质连续多年优于Ⅱ类标准。
