原因就是当时康熙帝晚年把旗份分给几个儿子的时候，分的多的是正黄旗份，这就导致自己亲领的旗份只有镶黄旗的一部分。
但是此时康熙帝依然是皇帝啊。理所当然，此时镶黄就是该排在首位。
直到世祖顺治朝中期，八旗的排序正式确定，而且直到清末，再也没有变动过。
努尔哈赤统一女真部落时期建立了军事组织八旗制度，八旗又分为上三旗和下五旗。每个旗由各旗旗主统治下辖旗民，其中上三旗的旗主就是满清皇帝本人，而镶黄旗又是由爱新觉罗部落为核心组成，所以最为尊。
因为早在清朝入关之前，清太祖努尔哈赤就是镶黄旗的旗主。后来到雍正时期为了加强中央统治，对八旗进行了严格等级划分，所以镶黄旗也被称为头旗，并在以后一直保持了八旗之首的地位。
