大部分情况下核磁共振能报销医保，前提是必须参保病人。但是车祸及外伤涉及到赔偿问题的这种情况下不能进医保、怀孕生小孩方面的核磁共振检查也不能够报销。核磁共振是大型医疗设备，检查费用昂贵，核磁共振检查已经被纳入医保，报销比例根据各个地区有一定的差异，大部分都在80%，如果医保账户余额充足，可以自己不掏一分钱。
核磁共振是否可以报销以及报销比例，与患者是否住院、医保类型都是有关系的，一般情况下门诊患者是不能够报销的，除非患者有特殊保险。如果是住院患者，核磁共振可以报销一部分，具体报销比例与患者医保类型有关系，比如农村合作医疗、省医保和市医保，他们报销比例是不同的。
核磁共振检查有独特的优势，在头部、腹部、乳腺、血管、神经等软组织方面有独特的诊断价值，而且还能够进行特殊成像，比如磁共振的胆管系统成像，以及磁共振的血管成像等，可以无创的对患者进行检查，对身体没有辐射，孕妇和儿童也可以做。
