耶律齐没有叛变，是被人陷害的。
襄阳城破之际，耶律齐被属下拼死救出，其替身为刘整所擒。刘整将计就计，四处宣扬耶律齐已投靠蒙元，谣言渐渐传遍武林。
耶律齐本想一死了之，但为保清白之名，不得不苦练《九阴真经》，然后潜入蒙军，取了叛变替身的人头，并以“移魂大法”杀死刘整。
耶律齐身受重伤，却得刘整一旧部相助，逃出生天。他来到丐帮君山分舵，准备东山再起，却被野心长老吴池借谣言将其杀死，含冤莫白。
不久后，郭襄持倚天剑斩杀吴池，为耶律齐正名。但此时谣言流毒已久，是以百年之后，仍有人认为耶律齐做了叛徒。
其实在《神雕侠侣》中，大家都知道，耶律齐的父亲是非常有治国韬略的蒙古宰相耶律楚材，铁木真在世的时候，耶律楚材就已经是蒙古宰相了，但是后来蒙哥死后，蒙古内部为了大汉的位置，内斗不断，当时蒙古太后想要拉拢耶律楚材，但是耶律楚材不愿参与这些政治斗争，最终蒙古太后就以莫须有罪名除掉了耶律楚材，因此，在耶律齐心中一直都有为父亲耶律楚材平冤昭雪的冤枉。
但是以前蒙古人要将他们赶尽杀绝，但是忽必烈掌权之后，凡是有才之人皆可用之，于是这让耶律齐看到了为父昭雪冤屈的希望，就这样耶律齐背叛了郭靖。
