这是因为蜂蜜结晶。蜂蜜原本质地均匀的蜂蜜已发生沉淀。这样的蜂蜜其实并没有坏，因为蜂蜜中的糖分浓度实在太高，低温下，糖的溶解度下降，所含的葡萄糖和蔗糖就可能沉淀出来，形成结晶。结晶会影响口感，但完全不影响食品安全和营养价值。
蜂蜜在5至15℃之间最容易结晶，高于或者低于这样的温度都会导致结晶缓慢。若将蜂蜜放在冰箱中储存，其所含葡萄糖从蜂蜜中析出分离形成晶体结构，晶核越变越大，然后聚集起来慢慢下沉到瓶底。如果蜂蜜中所含葡萄糖越多，那么它结晶也越多，结晶速度也越快。
当温度变高，葡萄糖的结晶结构就会破坏，它的溶解度也随之升高。贮存结晶蜂蜜时，温度高于26.7℃-29.4℃结晶结构会破坏蜜温超过40℃时，结晶的蜂蜜重新融化成液态。另外结晶还与蜂蜜中所含水分有关，如果水分浓度大，葡萄糖的饱和溶液就变稀了，结晶过程就会变慢。
蜂蜜结晶仅仅是一种物理变化，就像水变成冰一样，结晶后蜂蜜的营养价值不会受到影响。
