两者是有区别的，主要的区别有以下几点:
1、
外型与颜色:黄金鲫外观与普通鱼鲫相似，工程鲫体色背部为青灰色，腹部为白色头部与其它鲫鱼相似，但较小，有一对较小须突。
2、
性腺不育，自身不能繁殖 。黄金鲫均为3倍体鱼，不能繁殖后代，故可以在任何养殖水域放养，不会造成其它鲫、鲤品种资源混杂，也不会出现繁殖过量导致商品鱼质量的下降。
3、
黄金鲫的生长速度相比之下快，生长不受性成熟的局限 。
一、黄金鲫。黄金鲫并不是野生鲫鱼品种，而是以散鳞镜鲤为母本、红鲫为父本，通过远缘杂交获得的新品种，成年的鲫鱼呈现金黄色，所以称为黄金鲫。黄金鲫的生长速度非常快，抗病和耐寒能力极强，非常容易饲养。黄金鲫属于三倍体鲫鱼，不能繁育后代。
二、工程鲫。又名湘云鲫，是由工程院刘筠院士技术组培育出来鲫鱼新品种，和黄金鲫一样属于三倍体鲫鱼，自身不能繁育。工程鲫的生长速度是普通鲫鱼的3~5倍，当年的鱼苗就可长到一斤以上，饲料利用率远高于其他鲫鱼，所摄取的营养物质全部用于生长。
黄金鲫和工程鲫都属鲫鱼，黄金鲫属于野生鱼类，鳞片金黄色，营养价值高，工程鲫属于人工培植，是鲫鱼和鲤鱼的杂交品种，营养价值不如黄金鲫，但个体较大。
